Sultan Iskandar từ trần vào ngày 22 tháng 1 năm 2010 tại Bệnh viện Chuyên khoa Puteri sau khi nhập viện trong ngày.[116] Ông từ trần khoảng 7.15  tối, đến 11.20 tối thì Menteri Besar của Johor là Abdul Ghani Othman chính thức công bố. Ông được an táng tại Lăng mộ vương tộc Mahmoodiah vào 2 giờ chiều ngày hôm sau. Trước đó, công chúng được phép viếng Sultan Iskandar từ sáng sớm.[117]

Thủ tướng Najib Tun Razak[118] cắt ngắn chuyến thăm đến Ấn Đọ để tham dự tang lễ của ông. Những quan khách khác đến viếng ông là Yang Di-Pertuan Agong Tuanku Mizan Zainal Abidin và Raja Permaisuri Agong Tuanku Nur Zahirah, Sultan Brunei Hassanal Bolkiah, Sultan Ahmad Shah của Pahang, Tengku Mahkota Tengku Abdullah của Pahang, Sultan Sharafuddin Idris Shah của Selangor, Tuanku Muhriz, Yang di-Pertuan Besar của Negeri Sembilan, Sultan Azlan Shah của Perak, Sultan Abdul Halim của Kedah và Nhiếp chính Kelantan Tengku Muhammad Faris Petra. Thủ tướng Singapore Lý Hiển Long và Bộ trưởng Cấp cao Ngô Tác Đống cũng hiện diện.[117]

Con trai ông là Mahkota Johor Ibrahim Ismail được tuyên bố là suntal kế tiếp của Johor cũng trong ngày 23 tháng 1.[119]